토지소유자 또는 관계인은 수용재결에 대하여 불복이 있을 때에는 재결서를 받은 날로부터 60일 이내에, 이의신청을 거친 때에는 이의신청에 대한 재결서를 받은 날로부터 30일 이내에 행정소송을 제기할 수 있다. 다만, 사업시행자가 행정소송을 제기할 경우에는 이의신청 재결에서 정한 증액된 보상금을 공탁하여야 한다(토지보상법 제85조). 이 경우 토지소유자 등은 공탁된 보상금을 소송 종결 시까지 수령할 수 없다.

종전의 토지수용법 하에서는 이의신청 전치주의를 취하므로 토지소유자가 신속한 권리구제를 받지 못하고 법원의 최종판단을 받기까지 시간과 행정력 낭비를 감수할 수밖에 없는 문제점이 있었으나 2003년 1월부터 시행된 제정 토지보상법에서는 행정소송법에서 정한 행정심판 전치주의를 폐지한 것과 마찬가지로 행정소송에 대한 이의재결 전치주의를 폐지하여 수용재결 후 이의신청 없이 곧바로 행정소송을 제기할 수 있게 하였다.

또한 이의재결 절차를 선택적으로 존속시킨 이유는 행정소송 수행에 따른 경제적 부담이 큰 점을 감안하여 토지소유자가 원하는 경우에는 소송을 재기하지 않고도 권리구제를 받을 수 있도록 하기 위한 것이다.

○행정소송의 종류와 당사자
① 항고소송
수용재결 또는 이의신청재결의 위법을 이유로 재결처분의 취소 또는 변경을 구하는 소송으로서 이 경우의 소송당사자는 중앙토지수용위원회를 피고로 하여야 하며 관할법원은 지방법원급의 행정법원이다.
② 당사자 소송
수용재결 또는 이의신청재결 중에서 보상금의 증액만을 다투는 경우의 소송으로 당사자는 제소자가 사업시행자일 때에는 피고는 토지소유자 및 관계인이 되고, 제소자가 토지소유자 및 관계인일 때에는 사업시행자가 피고가 된다(토지보상법 제85조 제2항).

○판결의 효력
1) 항고소송
① 수용재결 또는 이의재결 취소
확정판결로 재결이 취소되면 행정소송법 제30조의 규정에 의하여 별도의 행위를 요하지 아니하고 재결 또는 이의신청재결이 취소되므로 중앙토지수용위원회는 다시 수용재결 또는 이의신청재결을 하여야 한다.
② 사업시행자가 제소하여 패소 시
사업시행자가 제기한 행정소송이 각하, 기각 또는 취하된 경우 사업시행자는 재결 또는 이의신청에 대한 재결서 정본을 송달받은 날로부터 판결일 또는 취하일 까지의 기간에 대하여 토지보상법 제87조에 따라 소송촉진등에관한특례법 제3조의 규정에 의한 법정이율(연리 25%)을 가산하여 보상해야 한다.
③ 수용재결효력 진행
수용재결에 불복하여 이의신청을 제기하거나 행정소송을 제기하더라도 수용재결의 효력이 정지되지는 아니한다. 즉, 수용재결 이후 사업의 진행 및 토지의 수용 또는 사용을 정지시키지 못한다(토지보상법 제88조)는 것이다.

2) 당사자 소송
당사자 소송의 경우에는 법원에서 직접 보상금이 결정되는 것이므로 소송 당사자는 판결 결과에 따라 이행하여야 하며 중앙토지수용위원회에서는 별도 처분을 할 필요가 없다.