이론적 근거
손실보상의 이론적 근거로 오늘날 「특별희생설」을 들고 있다.
「특별희생설」은 프랑스의 공평부담설을 독일에서 발전시킨 이론으로 이 학설은 공익을 위하여 개인에게 부과한 특별한 희생은 이를 전체의 부담으로 하여 손실보상 하는 것이 정의·평등의 요구에 합치된다고 본다.

「특별희생설」의 내용은 ① 사유재산권의 보장이념과 ② 평등부담의 원칙이다.

“사유재산권의 보장이념”은 사유재산권은 보장되며 공공필요에 의한 재산권의 부득이한 침해가 있는 경우 재산권의 교환가치보장(가치보장)을 통해서 재산권보장을 보완하기 위한 제도가 손실보상이라는 것이며, “평등부담의 원칙”은 공익을 위하여 개인에게 부과된 특별한 희생을 전체에게 골고루 부담하도록 전가하는 것이 합리적이며, 손실보상제도는 불평등한 부담을 평등한 부담으로 전가하기 위한 기술적 수단이라는 것이다. 

헌법의 근거
헌법 제23조 3항은 「공공필요에 의한 재산권의 수용·사용 또는 제한 및 그에 대한 보상은 법률로써 하되, 정당한 보상을 지급하여야 한다.」라고 규정하고 있다.

이 조항은 ① 손실보상의 헌법적 근거이며, ② 손실보상은 법률로써 하도록 하고 있는 보상 법률주의와, ③ 손실보상을 함에 있어서 정당한 보상을 지급하여야 한다는 정당보상원칙을 천명하고 있다.

개별법의 근거
○ 보상규정이 있는 경우
개별법에 보상규정이 있으면 그에 따라 손실보상을 하게 된다. 현재 손실보상에 관한 일반법은 없으며 개별법에서 필요에 따라 손실보상을 규정하고 있다. 예컨대 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률(약칭 ‘토지보상법’), 국토의계획및이용에관한법률(약칭 ‘국토계획법’), 도로법, 건축법, 하천법, 개발제한구역의지정및관리에관한특별조치법 등에서 손실보상을 규정하고 있다.

토지보상법은 공용수용 및 공용사용을 원인으로 한 손실보상을 규정하고 있으며 수용 및 사용의 손실보상에 관한 일반법적 지위를 갖는다. 공용제한에 대한 손실보상은 통일적인 내용을 정하지 않고 개별법에 필요에 따라서 보상규정을 두고 있다.

○ 보상규정이 없는 경우
개별법에 보상규정이 없는 경우에는 원칙적으로 손실보상이 주어지지 않는 것이 일반적이다. 문제는 행정기관의 적법한 공권력 행사로 인하여 특별한 희생을 야기 하였으나 보상규정이 없는 경우이다.

현재 손실보상의 일반법이 없기 때문에 이에 대하여 학설의 논란이 있다. 손실보상이 가능하다고 보는 견해에는 최고 상위법인 헌법을 근거하여 손실보상이 가능하다고 보는 ‘직접효력설’과 ‘유추적용설’이 있고, 손실보상이 불가능하다고 보는 견해에는 ‘방침규정설’과 ‘위헌무효설’이 있다.

이들 학설은 개별법에 보상규정이 없는 경우의 헌법 제23조 3항의 효력을 어떻게 볼 것인가와 관련된 논의이다. 즉, 「직접효력설」은 헌법의 국민에 대한 직접적 효력을, 「유추적용설」은 헌법의 국민에 대한 간접적(유추적) 효력을 인정하여 손실보상을 할 수 있다고 본다.

이에 반해 「방침규정설」은 헌법의 실효적인 법규의 효력이 없는 단순한 지침(방침)적 효력만을 인정하며, 「위헌무효설」은 헌법의 국민에 대한 효력은 인정할 수 없고, 입법자에 대한 직접적 효력만을 인정하여 손실보상을 할 수 없다고 본다.