어업피해 손실보상은 어업이 폐지됨에 따라 “장래의 기대이익이 감소되거나 상실됨으로써 입은 손실을 보전하는 것”으로서 토지보상법 시행규칙 제44조에 수산업법 시행령 별표4 규정에 의한 산출기준에 따라 피해액을 산정토록 규정하고 있다.

○ 어업이 취소된 경우
어업권이 취소되었거나 그 유효기간의 연장이 허가되지 않은 경우 손실액은 보상의 원인이 되는 처분 일을 기준으로 산출한다.

① 면허어업권
평년수익액(<3년간 평균어획량 × 처분당시 시가> ― 평년어업경비) ÷ 년리 × 0.8 + 어선·어구 및 시설물의 잔존가액

② 허가 및 신고어업
평년수익액의 3년분 + 어선․어구 및 시설물의 잔존가액

③ 어업실적이 없는 경우
[(인근동종어업(어장) 2개소의 3년 평균어획량) ÷ 인근동종어업(어장)의 당해실적기간 중의 어획량] × 당해 어장의 실적기간 중의 어획량 

어업이 정지된 경우
① 면허어업권
평년수익액 × 정지기간 + 시설물 또는 양식물의 이전·수거 등에 소요되는 손실액 + 어업의 정지기간 중에 발생하는 통상의 고정적 경비

② 허가 및 신고어업
평년수익액 × 정지기간 또는 어선의 계류기간 + 어업의 정지기간 또는 어선의 계류기간 중에 발생하는 통상의 고정적 경비

○ 어업이 제한된 경우
평년수익액과 어업의 제한정도를 감안하여 손실액을 산출한다. 그러나 어업권 취소 보상액을 초과하지는 못한다.