현재 농업의 손실에 대한 보상은 공익사업시행지구 안에서 사업인정고시일 등 당시 영농을 하는 농민에게 당해 공공사업용지에 편입되는 농지에 대하여 도별 연간 농가평균 농작물 수입을 기준으로 2년분의 소득을 영농손실액으로 지급하는 것을 말하고 있다.

이러한 영농보상제도는 다른 보상항목과 마찬가지로 일본의 농업보상제도의 취지를 제대로 알지 못하고 도입함으로써 제도도입이후 가장 많이 개정된 항목이다.

농업의 손실에 대한 보상의 명칭은 실농보상(‘77.3), 영농보상(’91.10) 등의 이름으로 불리었으며, 1997.10.15 개정 시 다시 실농보상으로 되었다가 현행 토지보상법에서는 ‘농업의 손실에 대한 보상’으로 되었다.

영농보상의 보상액 산정은 ‘77.3월에는 경작하던 농경지가 공공사업지구에 편입됨에 따라 대체농지취득기간동안의 종전의 소득을 보전해 주기 위해서 1기분의 순이익으로 보상토록 하다가, 1991.10월에는 영업보상에 준하여 실제 재배하는 작물을 기준으로 하여 단년생은 3기분, 다년생은 2기분으로 보상하였으며, ‘95.1월부터는 버섯재배장, 화훼재배 등 특수작물 재배농지를 보상대상에 포함시켰다.

영농보상제도를 개정하면서 ‘95.1월 개정이전까지는 일반적 작물인 경우에는 벼나 보리 등으로서 실제 재배하는 작물의 파악에 별 문제가 없었으며(특용작물의 경우에는 영농보상에서 제외), 땅에 심어 지력을 이용하여 재배하는 경우에만 영농보상대상으로 운용했기 때문에 영농보상투기의 소지가 없었다.

그러나 ‘95.1월 개정 시부터 지력을 이용하지 않는 버섯재배장, 화훼재배 등 특수작물 재배농지도 영농보상대상에 포함시켰고, 실제로 재배하는 작물의 기준시점, 경작자의 경작시기 등에 대하여 명확한 기준을 설정하지 않았으며, 질의회신에 의하여 “보상계약체결당시의 재배하는 작물”로 보상액을 산정토록 함으로써 영농보상 투기화를 가져오게 한 꼴이 되었다.

이러한 영농보상 투기문제는 1997.10월 개정으로 일부 보완되었으나 운용상 문제점은 여전히 남아 있어서, 2003.1.1 시행된 토지보상법에서는 도별 연간 농가평균 농작물 수입을 기준으로 2년분의 소득을 영농 손실액으로 지급하는 것으로 문제점을 보완하였다.