공익사업의 시행에 따른 손실보상은 토지보상법 제60조 내지 80조 및 동법시행령과 시행규칙에서 정한 바에 따른다. 토지보상법에 규정되어 있는 손실보상의 원칙은 다음과 같다.

○ 사업시행자 보상원칙 (토지보상법 제61조)
공공사업에 필요한 토지 등의 취득 또는 사용으로 인하여 토지소유자 또는 관계인이 입은 손실은 사업시행자가 보상한다. 따라서 설사 보상업무 및 이주대책에 관한 업무를 지방자치단체 등의 기관에 위탁하여 시행하는 경우라 하더라도 보상책임은 궁극적으로 사업시행자에게 있다.

○ 사전보상 원칙 (토지보상법 제62조)
사업시행자는 당해 사업을 위한 공사에 착수하기 이전에 토지소유자 및 관계인에 대하여 보상액의 전액을 지급하여야 한다. 다만 토지소유자 및 관계인의 승낙이 있거나 천재지변 시 토지의 사용 또는 시급을 요하는 토지의 사용의 경우와 같이 성질상 사전보상이 불가능한 경우에는 사후보상이 인정되나 이 경우에는 반드시 법적근거를 요한다.

○ 현금보상 원칙 (토지보상법 제63조)
손실보상은 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 현금으로 지급하여야 하며, 예외적으로 사업시행자가 국갇지방자치단체·기타 대통령령으로 정하는 정부투자기관 및 공공단체일 때 토지 등 소유자가 원하거나 부재부동산 소유자인 경우에 한하여 채권보상을 할 수 있도록 하고 있다.

○ 개인별 보상원칙 (토지보상법 제64조)
손실보상은 토지소유자 또는 관계인에게 개인별로 보상액을 산정할 수 없는 경우를 제외하고는 개인별로 행하여야 한다. 실무에 있어 소유권이외의 권리를 구분 확정하기가 어려워 소유자가 각각 그 권리의 설정내용을 말소하고 보상금을 일괄 수령하도록 하고 있으나 이 경우 관계인의 권리가 소홀히 취급될 우려가 있으므로 주의를 요한다.

○ 일괄보상 원칙 (토지보상법 제65조)
사업시행자는 동일인 소유의 토지 등이 수개 있는 경우 토지소유자 또는 관계인의 요구가 있는 때에는 일괄하여 보상금을 지급하여야 한다. 이는 동일인 소유의 보상 물건이 시기적으로 분리 보상되어 대토 등 이주에 지장이 생기는 것을 막기 위한 것이다.

○ 사업시행이익과 상계금지 (토지보상법 제66조)
사업시행자는 동일한 토지소유자에 속하는 일단의 토지의 일부를 취득 또는 사용하는 경우 당해 공익사업의 시행으로 인하여 잔여지의 가격이 증가하거나 기타의 이익이 발생한 때에도 그 이익을 그 취득 또는 사용으로 인한 손실과 상계할 수 없다.

○ 개발이익 배제의 원칙 (토지보상법 제67조 제2항)
당해 공익사업으로 인하여 토지 등이 가격에 변동이 있더라도 이를 보상액에 고려하지 않는다. 따라서 당해 공익사업과 관계없는 다른 사업의 시행으로 인한 개발이익은 배제하지 아니한다.

대법원(1992.2.11선고 91누7774판결)도 같은 취지에서 「토지수용으로 인한 손실보상가액을 산정함에 있어서 당해 공익사업의 시행을 직접목적으로 하는 계획의 승인·고시로 인한 가격변동은 이를 고려함이 없이 수용재결 당시의 가격을 기준으로 하여 적정가격을 정하여야 하나, 당해 공익사업과 관계없는 다른 사업의 시행으로 인한 개발이익은 이를 배제하지 아니한 가격으로 평가하여야 하는 것이다」라고 판시하고 있다.