토지와 건물을 양도한 데 대하여 양도소득세를 계산하는 때에는 기준시가로 계산하는 것이 원칙이나, 다음과 같은 경우에는 실지거래가액으로 계산하여 양도소득세를 납부하도록 하고 있다.

○실지거래가액으로 양도소득세를 계산하는 경우
1. 고가주택을 양도하는 경우
2. 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도하는 경우
3. 미등기 자산을 양도하는 경우
4. 취득 후 1년 이내에 부동산을 양도하는 경우
5. 허위계약서 작성, 주민등록 허위 이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 양도하는 경우로서 아래에 해당하는 경우
- 부동산실권리자명의등기에 관한 법률을 위반하여 부동산을 거래한 경우
- 중개업자가 부동산중개업법을 위반하여 직접 취득한 부동산을 양도한 경우
- 미성년자 명의로 부동산을 매입하여 양도한 경우
- 1세대의 구성원이 1년 내에 3회 이상 부동산을 양도 또는 취득한 경우로서 실지거래가액의 합계액이 3억원 이상인 경우
- 거래단위별로 기준시가에 의한 양도차익이 1억원 이상인 경우
6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 양도소득세 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우
7. 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 지정하는 지역에 소재하는 부동산을 양도하는 경우
8. 1세대 3주택 이상 소유자가 양도하는 주택

위에서 본 바와 같이 부동산을 양도한 경우에는 기준시가로 양도소득세를 계산하는 것이 원칙이지만, 양도자가 실지거래가액으로 신고한 경우에는 실지거래가액으로 양도소득세를 계산한다.

그러므로 부동산을 양도한 경우에는 기준시가와 실지거래가액으로 각각 양도소득세를 계산해 보고 세금이 적게 나오는 방법으로 신고를 하면 절세를 할 수 있다.

양도소득세를 계산하기 위해서는 세무전문가의 도움을 받아야 하는 등 많은 비용과 노력이 소요되므로, 신고방법만을 결정하기 위한 것이라면 정확한 세액계산까지는 필요 없으리라 본다.

필요경비 등은 무시하고 단순히 양도차익(양도가액에서 취득가액을 뺀 금액)만을 가지고 비교해 보아도 기준시가와 실지거래가액 중 어느 방법이 유리한지는 대략 알 수 있기 때문이다.

다만, 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 양도 및 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙서류를 첨부하여 양도소득세 확정신고 기한(다음연도 5월31일)까지 신고하여야 한다.

확정신고기한까지 신고를 하지 않으면 나중에 증빙서류를 제출하더라도 기준시가에 의하여양도소득세를 결정하므로 신고기한은 반드시 지켜야 한다.